Gen kháng sinh là gen được chiết xuất từ vi sinh vật hoặc tổng hợp hóa học, có khả năng ức chế hoặc tiêu diệt vi sinh vật.
Thời điểm hiện tại, các vi khuẩn kháng kháng sinh đã bắt đầu gia tăng trong hệ thống nuôi tuần hoàn, đây vốn là kỹ thuật điển hình nhằm giảm sự ảnh hưởng của kháng sinh và gen kháng thuốc. Trong nuôi trồng thủy sản, kháng sinh được sử dụng rộng rãi, giúp thúc đẩy sự tăng trưởng và ức chế bệnh do vi khuẩn gây ra. Việc sử dụng kháng sinh có thể dẫn đến ô nhiễm nguồn nước, xuất hiện các gen kháng sinh, làm cho người nuôi trồng thủy sản sẽ khó kiểm soát mầm bệnh.
Tại Việt Nam, ngành nuôi trồng thủy sản đã mở rộng quy mô và diện tích, ngày càng tiến bộ trong nghiên cứu chuyên sâu.
Ngành thủy sản Việt Nam có hai hệ thống nuôi điển hình là nuôi thâm canh tuần hoàn nước và nuôi tự nhiên. Lượng nước thải của hệ thống tuần hoàn sẽ được tái sử dụng còn trong hệ thống nuôi quảng canh, nước được xử lý đơn giản và thải trực tieeso ra môi trường.
Hệ thống nuôi tuần hoàn có lợi thế là ít nước, kiểm soát các điều kiện chặt chẽ,...Ngành thủy sản Việt Nam đã có những nghiên cứu về gen kháng sinh, phương pháp PCR là phương pháp hiệu quả nhất, nhằm định lượng, phân tích mức lan truyền của môi trường nuôi và công nghệ điều trị gen kháng thuốc.